阿米巴原虫常常使人类肠道发生感染，引起阿米巴痢疾。感染了阿米巴的患者在大便时，阿米巴滋养体可随粪便排出，如不注意卫生，可污染外阴，并经阴道口侵入阴道内。如果阴道粘膜有破损或机体抵抗力下降时，滋养体就会侵入阴道壁组织内，繁殖生长，而发生阿米巴性阴道炎。

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