1.治疗期间不许饮酒。
2.当完成一个疗程后应进行随访。
3.患者要按时、按量治疗。因为非淋菌性尿道炎的治疗不同于淋病能做到短期足量治疗，而且服药次数多，持续时间长，此时不要急于改换药物。
4.由于目前有多达45%的淋病患者在感染淋球菌的同时也感染衣原体和支原体，因此，在治疗淋病时，可采取同时治疗非淋菌性尿道炎联合方案。
5.性伴侣如有感染应同时治疗。有40%的非淋菌性尿道炎患者没有任何症状，所以不但患者本身要治疗，其性伴侣也应接受预防性的药物治疗。
6.对于经多所医院治疗而未愈的患者，要详细了解病情和疗程，若按正规疗法而无好转或无效者，应改换另一种治疗方法，甚至联合治疗。
7.若证实为沙眼衣原体尿道炎患者，治疗时应把疗程延长到4~6周。
8.解尿素支原体对四环素有耐药性，若疑属于这种情况，则及时用其他抗生素。
9.如果患者反复发作，应警惕并发症，如前列腺炎等，应做相应的细菌学检查，并及时治疗。
10.有条件的医疗单位，应对每一位患者尤其是复发者做详细的临床和细菌学检查，并进行针对性的治疗，这样才能彻底治愈。
11.若为滴虫、霉菌、尤其是霉菌性尿道炎，不能一味用抗菌素，否则对患者危害更大，应查清后对症治疗。
12.非淋菌性尿道炎治疗时不应滥用抗生素，如绝大多数青霉素药物对衣原体、支原体均无效，一般不应使用。磺胺对衣原体有效、对支原体无效；链霉素、大观霉素对衣原体无效、对支原体有效；庆大霉素、新霉素、多粘菌素对衣原体无效。
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