首先输卵管先天的畸形非常不容易被发现，也是常常会因为和生殖道的畸形一起存在而被忽略掉，还有一种重要的原因是深深埋在盆腔的侧方。比较常用的诊断方法就是子宫输卵管造影术后发现单角子宫单侧输卵管或双输卵管。腹腔检查可能发现各种畸形。剖腹术可较明确的诊断。
对由于输卵管异常引起不孕者，在腹腔镜下或剖腹行输卵管整形术。发生输卵管妊娠破裂或流产者，术中认真检查，对可修复的输卵管畸形不要轻易切除，应采取显微手术技巧进行整复输卵管，以保留功能。
输卵管发育异常较少见，也不容易被发现，常与生殖道发育异常并存，导致不孕或宫外孕。
1、输卵管缺失
(1)一侧输卵管缺失与单角子宫同时存在，因胚胎早期一侧苗勒氏管未能形成所致。
(2)真两性畸形有睾丸或卵睾侧可能不形成输卵管。因在胚胎分化早期睾丸组织的支持细胞受H-Y抗原的影响，产生抗苗勒氏管因子，使同侧苗勒氏管不能形成或抑制其分化发育。
(3)双侧输卵管缺失，多数与先天性无子宫或仅有残遗子宫畸形并存。因为双侧苗勒氏管未形成或发育受阻有关系。
2、输卵管发育不良 输卵管细长，肌层薄弱，收缩力差，对精子，卵子或受精卵运送迟缓，容易发生不孕或异位妊娠。输卵管部分缺失或无管腔的实性输卵管。
3、双输卵管或副输卵管 双侧或单侧双输卵管，可能都通入宫腔，也可能有一条较细小不通宫腔称为副输卵管，原因不清。在胚胎发育中副中肾管穿破形成多口输卵管。
4、输卵管憩室 输卵管憩室较易发生在壶腹部。容易发生输卵管妊娠。
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