1、内口底一定要彻底切除，包括肛瓣、肛窦、肛腺、部分内括约肌，及内口溃疡与周围瘢痕组织全部切除。因为内口处理的好坏，是关系到肛瘘能否彻底治愈的重要环节！
2、内口切除后，还要向上适当延长切口0.5--1.0厘米，深度与瘘道适应为宜。
3、内口如果在母痔区的话，在切除内口的时候应该结扎内痔，这样可以预防术后大出血，切记。
4、瘘道内注入美蓝等色素后，应注意肛瘘是否只有一个内口，或与临近的几个肛窦相通。
手术时凡有漏色的肛窦，应一慨全部切除，但也要注意色素液不宜注入太多，以免出现假象或感染！
还有一类病人，专家会采用另一个方法，但愿会给大家有所帮助！
因为有一部份肛瘘病人不是急性或者亚急性期的时候来就诊，也就是说他来看病的时候瘘管是完全封闭的，专家会在肛瘘外口处找到瘘管，顺瘘管将瘘管组织完全剔除，当然包括内口一起剔除，再扩大创口引流，此方法适用于外口距肛缘5厘米以内的患者。如果比较远的或者是复杂性肛瘘可以在你确定瘘管的位置下（复杂性肛瘘先打到主干瘘管）另开一个口，按上述方法剔除就行，而远端搔刮引流。
补充三点：
（1）瘘管碘油造影的准确性很差，平面片不直观，加之碘过敏等原因，目前渐趋淘汰。MRI和腔内B超是发现肛瘘走向、位置、内口所在的很好方法，较精确。
（2）手术前或手术时的肛门镜检查也很重要。通常内口部肛窦凹陷加深，充血，或有分泌物流出。结合指诊、探针检查的话意义更大。
（3）内口未必都是贯通的，封闭者较多。多种方法互参确认内口，可提高准确性。
商讨两点：
（1）专家认为肛瘘没有必要待瘘管全部形成后再作根治手术，可以在急性脓肿期或切开排脓后任何时间进行，前提是内口明确并且有把握处理好。术后并发症的出现主要与技术和对治疗原则的把握有关，与瘘管壁是否形成无关。
（2）“内口切除后，还要向上适当延长切口0.5--1.0厘米，深度与瘘道适应为宜。”其实没有必须延长这么多，那样做损伤大且容易出血。通常采用的是结扎内口处两边缘粘膜（连同两侧的肛窦）的方法。

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